借地権の取引慣行が「建物に随伴して取引されるのがほとんどで単独の取引はない」と分析していながら、部分鑑定評価ではなく独立鑑定評価としている理由が不明とのことですが、ここで独立鑑定評価の定義を見てみますと、「不動産が土地及び建物等の結合により構成されている場合において、その土地のみを建物等が存しない独立のもの（更地）として鑑定評価の対象とすること」となっております。借地権付建物で仮に用語を変えて見ますと、「不動産が借地権及び建物等の結合により構成されている場合において、その借地権のみを建物等が存しない独立のもの（借地権）として鑑定評価の対象とすること」となり、いかにも独立鑑定評価が可能な文章となってしまいますが、不動産鑑定評価基準でいうところの借地権は借地借家法・旧借地法に基づく借地権であり、建物等が存しない場合はそもそも借地権が存在しないこととなり、存在し得ない借地権を鑑定評価の対象とすることは不可能だと思います。従いまして、通常の「部分鑑定評価」で不動産鑑定評価を実施することが適切だと考えられます。