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ご親族間・同族会社間・関連会社間での不動産売買の場合、売主・買主ともに利害関係者であるため価格操作が行われやすく、税務当局は売買金額と適正時価との差額に贈与税、所得税等を課税することがあります。
この場合、適正時価の算出に不動産鑑定士による不動産鑑定評価書・不動産鑑定評価額が有効であり、税務当局も当該評価額での売買なら通常問題ないものとして扱っています。
但し、共有持分のみの売買の場合は注意が必要です。
東京国税庁電話相談担当者より聴取したところ、不動産鑑定評価の場合に考慮する共有持分のみの売買に伴う市場性減価は認めないとのことでした。
例えば、Aさん・Bさんが各2分の1づつ共有している土地建物があり、Aさんが持分である土地建物の2分の1を売買する場合、通常流通性に欠け、余程価格が安くないと売買は成立しません。何故なら購入者をCさんとすると、売買によりCさんはAさんの土地建物持分2分の1を取得しますが、赤の他人のCさんとBさんの間で、将来的な土地建物利用関係に弊害が生じる可能性があります。Cさんは買ったはいいけど土地建物を利用できない、仮に賃貸しても賃料がまとまらないなどの状況に陥る可能性が想定されます。そうなると、Cさんは単純に土地建物評価額×Aさんの共有持分割合2分の1では購入する気になれず、これに市場性減価を考慮して初めて売買が成立することとなります。不動産鑑定評価によりAさんの共有持分価格を算出する場合は、この市場性減価を考慮します。
ところが、国税当局は相続税財産評価では当該市場性減価は考慮していないことを理由に、認めないとの見解を示しました。
従いまして、不動産鑑定評価書を利用してご親族間・同族会社間・関連会社間で共有持分売買をする場合は、不動産鑑定士が出した総額の不動産鑑定評価額に、単純に共有持分割合を乗じた（かけた）価格が適正時価となりますのでご注意下さい。また、適正時価とかけ離れた価格での売買は、譲渡所得税のほかに贈与税等の課税可能性もございますので注意が必要です。以下が算出式です。

【国税当局見解の親族間・同族会社間・関連会社間における共有持分売買適正時価算出式】
国税当局見解の親族間・同族会社間・関連会社間における共有持分売買適正時価＝土地建物全体の不動産鑑定評価額×共有持分割合